上颌窦囊肿一般不会自愈，但上颌窦囊肿有可能出现囊壁的破裂、包膜破裂后囊液会自行流出，但是囊液流出之后，破口就会自然封闭，然后过一段时间囊肿可能又会慢慢增大，因为有囊液不断的生成。但是如果上颌窦囊肿没有破裂，一般来说即使会慢慢长大，也会很慢。所以一般上颌窦囊肿不会引起任何不舒服症状，没有任何不良影响，也就不需要特别处理，不需要手术将其切除，除非有合并明显的鼻窦炎而需要手术的话，可以将其一并切除，但是没必要单纯为一个上颌窦囊肿而做手术。
上颌窦囊肿的发生原因并不是很明确，但一般来说和合并的鼻炎有关系，所以出现鼻炎要好好治疗。鼻炎的治疗通常可以用鼻腔生理性海水做鼻腔冲洗，冲洗后间隔15分钟后用鼻喷激素喷鼻，通常可以治疗1-3个月，然后必要时可以再加上口服的抗组胺药。通过对鼻炎的治疗，对于上颌窦囊肿也有一定的控制效果，上颌窦囊肿只要不持续增大，一般来说就不需要过多的其它治疗。
