红眼病大部分不能自愈，只有极少部分病毒感染，个别有自愈倾向，但如果没有辅助治疗，也不易自愈，红眼病需要治疗，而且病因不同治疗方法也不一样。急性细菌性结膜炎，比如婴儿淋球菌感染引起的急性结膜炎，发展非常快，非常迅猛，还会引起角膜溃疡，如果不治疗，可能在几天内引起角膜穿孔，导致失明。所以不是所有红眼病都能自愈，大部分需要针对不同病因，给予不同治疗，还有部分结膜炎不能完全治愈，需要长期用药，长期维持，比如严重干眼症，以及全身免疫性疾病引起的眼部结膜炎。
红眼病治疗时间不一样，要根据不同感染源，病程长短、病情轻重程度，因人而异。如果发现较早，细菌或病毒毒力比较弱，用药后能很快治愈，对于病毒或细菌感染力较强，需要治愈一段时间；对治疗较晚，引起并发症的患者,治疗比较困难。
