九价HPV疫苗涵盖高危亚型的HPV种类更多，预防宫颈癌以及癌变几率更大。但并非在注射九价宫颈癌HPV疫苗后，能预防所有宫颈癌变的发生，所以注射结束后仍需定期进行宫颈癌筛查。注射九价HPV疫苗，仅能预防多数高危亚型人乳头瘤病毒感染所导致的宫颈癌，即可预防90%左右的宫颈癌发生。而且因为疫苗截止到目前为止研发的时间较短，远期保护效力能够持续时间尚不明确。
因此需注射九价疫苗后的女性按时进行宫颈癌检查，如液基细胞学检查、高危亚型人乳头瘤病毒检测。必要时需进行阴道镜下宫颈活检，才能最终明确是否有癌前病变及癌变。此外，九价HPV疫苗预防低危亚型，仅是HPV6和HPV11两种亚型，且只能预防多数尖锐湿疣的发生，但是并不能保证在未来患尖锐湿疣。所以注射九价疫苗后平时健康体检、宫颈癌筛查，以及未来关于性行为的保护，与未注射HPV疫苗的女性应同等看待。
