胆固醇高的主要危害，是引起动脉粥样硬化，和动脉粥样硬化相关的心血管疾病的发生。胆固醇高的病人，常常合并有低密度脂蛋白胆固醇非常高，低密度脂蛋白胆固醇，特别是氧化的低密度脂蛋白胆固醇，很容易在动脉内皮下沉积。
一旦低密度脂蛋白胆固醇沉积在内皮下，内皮下有很多单核巨噬细胞，就会吞噬低密度脂蛋白。随着日积月累，吞噬的低密度脂蛋白多了，细胞会破裂、坏死，胆固醇就会被释放到内皮下，时间长了就形成像米粥样偏黄色的粥样物质。
这种粥样物质的积累，就会阻塞斑块，斑块慢慢变大，就会阻塞血管，从而引起一系列的动脉粥样硬化相关的心血管疾病，包括冠心病，就是冠状动脉阻塞引起。
脑血栓是脑动脉动脉粥样硬化斑块形成，还有间歇性跛行，包括外周动脉，是动脉硬化斑块形成引起的，还有颈动脉斑块，时间长了也能引起颈动脉的狭窄和颈动脉闭塞等，这是胆固醇高最主要的危害。
