第三代试管婴儿前期的准备检查的过程与第一代和第二代试管婴儿没有太大的区别。第一代或者第二代试管婴儿助孕的患者，如果没有其它的不适合移植胚胎的禁忌症，即可移植新鲜的胚胎；而第三代试管婴儿需要对胚胎进行活检后冷冻胚胎，并对活检的细胞进行检测，才能决定胚胎能否移植。三代试管婴儿不能放新鲜胚胎，而是要放冷冻胚胎。此外，做三代试管婴儿之前至少要进行一次遗传咨询，并要充分了解自身的生育和遗传的这种风险，至少了解现阶段医学干预措施的利弊，自愿选择三代试管婴儿。

夫妻在选择进行三代试管婴儿周期治疗前，需充分知晓整个过程当中各种的风险，涉及试管婴儿促排卵治疗的过程，还有三代试管婴儿造成胚胎活检、冷冻复苏的损伤等。有个别胚胎可能会存在诊断不明，检测以后无可移植胚胎，或者是染色体嵌合型的胚胎发育潜能的不确定性等，无法常规地鉴别染色体结构异常的携带者。由于胚胎自身的生物学特性以及检测技术的局限性，可能会导致误诊的风险。如果获得临床妊娠，则需要产前诊断进行确诊。