大蒜素软胶囊并没有明确对服用时间有所要求，可以在饭前服用，也可以在饭后服用。但应注意由于大蒜素软胶囊中药物浓度较高，一定不要把它咬破，如果咬破，会对胃造成一定刺激，所以服用时应整体吞服，同时为避免服用胶囊时黏在咽喉部位，应大量饮水送服。

由于大蒜素软胶囊杀菌谱较广，在临床上可以用于治疗一些真菌感染，也可以用于治疗细菌感染。除此之外，需在医生指导下用药，药量可能会根据其具体情况而做出调整，如果是儿童，用量可能要相对于成人酌情减少。