脑干堵塞的治疗和脑梗塞的治疗方法一样，首选的是溶栓治疗。因为脑干是大脑、脊髓和四肢连接的交通要道，里面有很多生命中枢，所以脑干堵塞的后果非常严重。急性脑干梗塞有绿色通道，如果是紧急状态，首选的还是溶栓治疗。如果治疗较晚，超过4.5-6个小时，则用双抗、抗凝、疏通微循环等方法进行治疗。

如果脑干梗塞的面积相对较小，不是大面积脑干梗塞，则有希望恢复。如果脑干梗塞的面积相对较大，两侧都有梗塞，则生命会受到威胁，这时病人的呼吸、心跳、意识都会受到很大影响，死亡率非常高。