生化妊娠的原因，有可能是胚胎的问题，也有可能是母体的因素，或者环境因素所导致。需要注意如果是两次或者两次以上生化妊娠，需要到医院做全面的检查。

1、胚胎因素：生化妊娠的原因较多，可能是胚胎自身的问题。如胚胎的染色体异常，导致胚胎停止发育，着床失败；

2、母体因素：也有可能是母亲的疾病所导致，常见的原因是子宫内膜的异常。如子宫内膜息肉、子宫内膜炎，或者宫腔粘连，会导致胚胎着床失败，进而导致生化妊娠。子宫内膜异位症或者子宫腺肌症，会导致习惯性生化妊娠。此外还有一种疾病叫抗磷脂综合征，会表现为反复的生化妊娠或者自然流产，伴有抗磷脂抗体的升高，还有血管栓塞的表现；

3、环境因素：母亲在怀孕早期接触有毒、有害的物质，如重金属，或者抽烟、咖啡因等，也可能会导致生化妊娠的发生。

所以如果仅是一次的生化妊娠，往往考虑是胚胎自身的原因所导致的偶然事件。但是如果是两次或者两次以上的生化妊娠，则建议夫妻双方同时到生殖医学中心做全面检查，查找反复性生化妊娠的原因。并针对病因，进行相应的处理。