胃间质瘤是以发病部位和肿瘤大小作为治疗依据，以胃为例，如果是长在胃上的间质瘤，2cm以内的不需要手术，只要密切随访即可，如果在2cm以上，还是建议积极的手术切除。现在绝大多数患者都可以通过腹腔镜微创来进行胃的局部切除，不要求切除过多的胃组织，可以最大限度的保留患者胃的功能，对将来的饮食、生活影响也不是很大，同时可以对肿瘤进行微创的规范性的切除，最终可以获得病理的诊断，包括肿瘤大小、肿瘤的核分裂象结合肿瘤的部位，可以获得肿瘤的恶性程度分级，所以手术是唯一能够获得标本最完善的信息，可以让患者获得明确的诊断。
如果是低危组，术后是不需要靶向治疗。如果是中高危的，患者需要进行规范的靶向药物治疗，最大限度的避免肿瘤的复发。所以手术对于胃间质瘤是非常关键的治疗手段。
