卵巢囊肿通常不影响怀孕，但巧克力囊肿通常会有35%-40%的人患有不孕。巧克力囊肿是盆腔子宫内膜异位症的表现，而盆腔子宫内膜异位症由于整个卵巢功能受损，盆腔炎症介质存在等因素，大约有35%-40%的患者不容易怀孕。其它类型卵巢囊肿，如畸胎瘤、黏液性囊肿、浆液性囊肿，如果囊肿不是特别大，无扭转、感染等，即使有囊肿的情况下，也可以怀孕。
如果卵巢囊肿持续存在超过3个月，而且囊肿的直径＞5cm，通常需要孕前把囊肿切除再怀孕。卵巢囊肿切除可能需要1-3个月才可以怀孕，并不影响怀孕进程。怀孕之前如果发现病理性囊肿，建议在怀孕前切除，可以明确性质，防止囊肿在怀孕期长大或者扭转，孕期难以处理。
