肛门疼痛大多与炎症性疾病相关，如肛裂、肛瘘、肛周脓肿等。肛周疼痛为较常见的肛周现象，如较常见的肛裂和肛窦炎，由于大便反复刺激易造成直肠、肛管部位皮肤损伤或肛窦损伤。由于大便中存在较多细菌，如果损伤未得到及时积极治疗，损伤会长期存在，甚至形成慢性溃疡，肛裂即可在此基础上形成。

肛裂形成后会出现明显的疼痛感，大便结束后疼痛仍然存在。肛裂症状常为便秘、疼痛，存在恶性循环并反复加重。肛周脓肿分为表浅皮肤脓肿以及较深在的肛瘘，反复发作、经久不愈的肛周脓肿与肛周疼痛常代表出现肛瘘，如果积极将瘘管切开，使新生肉芽组织由内向外生成，肛瘘痊愈后疼痛可彻底消失。