任何治疗都有副作用，只是每一种治疗的副作用不同。所以，治疗需选择适当的时机和适当的方式。促排卵治疗也有副作用，比如促排卵以后，可能卵巢会一次有多个排卵，这时对卵巢的储备功能会有影响，正常情况下能到45-50岁，但确实有的人会有卵巢功能的提前衰退的可能性。
另外卵巢的过度刺激，卵巢过度刺激以后会突然增大，内分泌异常，甚至于会有类似肿瘤样的物质发生。还有的人可能会因为用这些药物以后，造成身体的其他功能障碍，比如内分泌功能、胰腺功能、甲状腺功能，都可能会受到影响。所以，促排卵治疗需选择合适的时机，同时要有合适的方法，且需充分考虑在合适的医院进行，因为促排卵是为了怀孕生孩子，要积极的去做试管婴儿治疗，减少促排卵药物的影响。
