肩袖损伤患者进行关节镜下修补之后，最常见并发症是肩袖组织再次撕裂，也是考虑最多或者最担心的问题。再次撕裂可能与之前损伤程度相关，比如之前撕裂较大、肌肉萎缩严重，手术后再次撕裂风险也会相对较高。对于年龄较大、吸烟、骨质疏松、控制不佳的糖尿病等患者，肌腱愈合能力也会比较低。因此，肌腱再次撕裂可能性也相对会比较大。
此外，部分患者术后可出现肩关节粘连，可能与患者术后未经过合理康复锻炼，未积极进行主动、被动关节功能活动，以及未适当应用消炎镇痛药缓解炎症反应，克服关节粘连有关系。少数患者可能还会出现关节感染、神经血管损伤等并发症，但是相对非常少见。
