一般先天性脑血栓好发于年龄小的患者，与后天的传统性脑血栓不同，前者不容易治疗，也不容易完全治愈。先天性脑血栓的原因，可能是少见的因素，比如血管畸形、血液系统疾病等，通常无法完全消除，所以此病可以反复发作，症状也会较重。

对于传统的脑血栓，通过静脉性溶栓、动脉性溶栓、输液治疗等，通常可起到较好的效果。在治疗后的疾病慢性期，通过控制血糖、血脂、血压，患者也可恢复得较好。