大多数情况下，肺部真菌感染可以治愈，引起肺部真菌感染的病原体多种多样，可以有念珠菌、曲霉菌。另外，隐球菌、肺孢子菌，除以上常见的真菌之外，其他的真菌也可以引起肺部真菌感染。
1、肺念珠菌病：通常会应用氟康唑或者棘白霉素类的药物来进行治疗；
2、侵袭性肺曲霉菌病：可以应用两性霉素B、伏立康唑等药物来进行治疗；
3、肺隐球菌病：其通常比较隐匿，治疗时间、时程也会相对较长，可以应用氟康唑来进行治疗，疗程一般要持续0.5年。当然对于肺隐球菌病，伊曲康唑、两性霉素B也有效，通常治疗时间是3-6个月，部分患者会达到6-12个月；
4、肺孢子菌肺炎：磺胺是首选用药，另外棘白霉素类药物对肺孢子菌也有效。
