肛周脓肿不可以自愈，肛周脓肿可以短期内不发作，红、肿、热、痛的症状可以不出现，比如维持1个月、3个月、半年甚至于2-3年。但是肛周脓肿不可能彻底愈合，因为从肛周脓肿的病因是肛门内有感染源，肛门内的感染源没有治愈，没有通过治疗手术切除，始终是爆发疾病的定时炸弹。这段时间虽然没有表现出来，处于静止期。在劳累、肛门腺受刺激时会出现。
而且患者要注意肛周脓肿有时候是从肛门周围表面能表现红、肿、热、痛、，而部分肛门内的腔隙，比如直肠后间隙、骨盆直肠间隙，此处的脓肿是一种隐性的脓肿。感染没有沿肛门表皮表现出来，反而是沿着直肠黏膜下或者是直肠后深间隙向盆腔等方向发展，这时候不容易被发现，甚至医生诊断也会漏诊。所以肛周脓肿虽然在处于静止期，比如说红、肿、热、痛比较轻，但还是要进行一定的治疗。