核酸检测喉咙和鼻子主要的区别，就是取样的部位不同。咽喉取的是咽拭子，鼻子取的是鼻咽拭子，相当于鼻子内部深度进行取样。这个过程咽拭子痛苦较小，鼻拭子要比咽拭子更痛苦。
虽然鼻拭子会采取特定的棉签，要比咽拭子更柔软。但是在插入鼻腔的过程中，会对鼻腔内的黏膜产生摩擦，出现更明显的不适或者酸胀、疼痛的感觉。
特别是鼻结构异常，比如鼻中隔偏曲或者鼻甲肥大的人，有时会出现摩擦增多，甚至需要换另外一个鼻孔，才能取到鼻咽后部部位的分泌物。而二者的检测方法一样，临床统计，感觉鼻拭子的阳性率可能比咽拭子阳性率更高。
