使用四联疗法但幽门螺杆菌未被清除，此时通常不是马上使用药物进行进一步的根除，而是应该等待6个月后再用药杀灭幽门螺杆菌。进行幽门螺杆菌的第二次杀灭时，需了解患者第一次幽门螺杆菌根除治疗的具体用药。患者第一次四联疗法治疗不成功，常见原因有以下几方面：
1、耐药性：即幽门螺杆菌对抗菌素产生耐药；
2、患者顺应性查差：用药时，未按照医生要求按时吃药，即患者顺应性较差，也可能导致幽门螺杆菌根除治疗的失败。
因此如果第一次使用四联疗法进行幽门螺杆菌根除治疗失败，不要马上再用药杀灭幽门螺杆菌，而是应该等6个月后，结合以前使用的抗菌素，再挑选曾经未用过的抗生素杀灭用幽门螺杆菌。患者也可以进行抗药性、耐药基因的检测，但该检测在临床只有参考意义，并没有决定性意义。
