根据世界卫生组织推荐的百日咳免疫程序，采用基础免疫和加强免疫。我国百日咳疫苗基础免疫通常是从婴儿生后3个月开始接种，可以使用百白破三联制剂，含有百日咳菌苗、白喉类毒素以及破伤风类毒素，属于免费疫苗，在儿童3-5月龄各接种一次完成基础免疫；1年以后强化一次，完成加强免疫。
最好选择在儿童身体健康时接种疫苗，百日咳疫苗接种还可以使用能够预防百日咳、白喉、破伤风、B型流感嗜血杆菌的四联疫苗，或能够预防百日咳、白喉、破伤风、B型流感嗜血杆菌、脊髓灰质炎的五联疫苗。四联和五联疫苗在儿童3-5月龄进行三针基础免疫，1岁半时进行一针加强免疫。
