脑部彩超和脑部CT有必要同时做，因此二者所检查的部位不一样。脑部彩超主要查看脑部血管，如颈动脉、椎动脉、锁骨上动脉 。脑部超声现在常被用于早期脑血管病的筛查和疾病的监测，比如脑血管狭窄、动脉硬化斑块。条件好的脑部超声或技术比较娴熟的医生，能够观察到一部分脑内动脉或静脉，颈部动脉看得最好。
脑部超声还可以对部分疾病诊断提示，主要是帕金森病，其发病机制是黑质病变，病变过程中会有大量的铁质沉积，通过脑部超声可以发现沉积在黑质上的铁质，来预判或分析帕金森病是否发生及严重程度。脑部CT主要看脑实质，如有无脑实质出血、梗塞、肿瘤。增强CT血管造影可以看到血管，而且比脑部超声显影更好。
