巧克力囊肿也称为子宫内膜异位症，子宫内膜异位症患者，一半以上可以自然怀孕。如果巧克力囊肿不大，比如有2-3cm，且刚发现巧克力囊肿，可以先尽快试孕。

如果超过2年，在没有避孕的情况下没有怀孕，在囊肿没有明显增大的情况下，可以先做排卵功能测试，需要判断卵巢是否正常排卵。如果卵巢没有正常排卵，存在排卵功能障碍，需要咨询生殖科医生，判断能否用药物促进卵巢排卵。

如果排卵功能正常，需要进一步检查输卵管的通畅程度。一般临床上比较推荐B超造影或者影像学造影 ，需到放射科做影像学造影，明确双侧输卵管是否通畅。

巧克力囊肿虽然发生于卵巢，部分情况下可能合并有盆腔异位灶，盆腔异位灶持续存在，伴随每个月的月经来潮，可能会有进行性加重，加重过程中可能会粘连输卵管，导致输卵管发生炎症、粘连、水肿的情况。

部分患者除巧克力囊肿外，合并有输卵管堵塞，需及时诊断，及时发现，必要时需要通过微创手术处理。