对于低危型HPV感染皮肤表现为寻常疣，呈米粒大小的丘疹表面角化明显、粗糙不平、顶端刺状、质地坚硬。皮损可单个、也可多个，可自身接种而逐渐增多。发生在手足部位低危型HPV可表现为甲周疣，甲下增厚、角化，足跖部位皮损表面因受压可出现出血点及黑点。患者面部及躯干感染，可表现为丝状疣和扁平疣。

外生殖器感染HPV可表现为生殖器疣，即尖锐湿疣，包括三种状态，即典型的表现、亚临床表现、潜伏感染。典型表现可以为肉眼可见的典型皮损，可以表现为乳头瘤状、菜花状、颗粒状、鸡冠状。亚临床表现为肉眼不易辨认，需要借助放大镜或者醋白试验才能观察到。潜伏期感染是HPV进入皮肤黏膜的细胞内，不引起任何临床表现和组织细胞学的异常，仅通过分子生物学的方法，如核酸杂交等在皮肤黏膜的细胞中检测。

HPV感染的易发部位包括女性外阴、阴道、宫颈，肛门周围、肛管内及尿道口，男性的外阴、阴茎、睾丸表面、尿道口、肛门周围及肛管内，其少见部位包括腋窝、脐窝、乳房下，亦可发生于特殊部位，表现为口腔黏膜表面的疣状损害、复发性呼吸道乳头瘤等。对于高危型HPV感染，皮肤可表现为鳞状细胞癌、基底细胞癌、帕哲病，上皮性肿瘤也与此类病毒感染有关。此外，高危型HPV感染可能导致宫颈癌、肛门肛管癌、扁桃体癌、口腔癌、喉癌、食道癌等。