做肠镜理论上可能传播传染病，如艾滋病、乙肝、丙肝、梅毒等本身可以通过血液传播，也可以通过接触感染者的体液传播。做肠镜可能有出血的风险，更可能有体液。如果肠镜没有得到认真的消毒，在给下一位患者做时，可能通过损伤的黏膜传播疾病。因此在做肠镜前，通常要求对要做检查的人进行传染病方面的检测，以确保安全。一般包括乙肝、丙肝、梅毒、艾滋病检测，但即使是感染者也有权利做肠镜检测，只需要在做检测后，将肠镜进行认真、规范消毒，便可以避免传染给下一个人。
但如果患者是去不太正规的机构就诊，可能没有做严格消毒，肠镜可能被病原体污染，在下一个检查者做检查时，肠镜可能作为传播媒介，将传染病传播给其他人。但在现实中可能性还是相对较小，肠镜和其他检查不同，本身是比较污染的操作，所以通常对肠镜都会进行冲洗消毒，不会重复使用，因此若患者是去正规机构就诊便不必过于担心。
