巧囊也称卵巢的巧克力囊肿，为子宫内膜异位症的常见类型，其做试管婴儿的成功率与其它原因做试管婴儿的成功率相同，而且成功率较高，可以达到60%左右。由于巧克力囊肿多因素可以导致不孕，所以该症常伴有不孕，巧克力囊肿处理后没有怀孕也为做试管婴儿的指征之一。

巧克力囊肿做试管婴儿成功率较高，主要因目前大多数医生采用超长方案有关，因为此方案可以改善巧克力囊肿患者的子宫内膜容受性，使得患者着床率增高，所以成功率较高。虽然部分巧克力囊肿破坏卵巢功能，但如果患者较年轻时有优质的卵子和胚胎，通常存在成功的机会。