子宫内膜异位症的手术在临床上根据不同的位置，手术的方式有所不同，具体如下：

1、卵巢局部的子宫内膜异位症：若子宫内膜异位症的病灶在卵巢局部形成巧克力囊肿，并且囊肿直径已经＞4公分，临床上考虑进行手术治疗。一般对于此类情况，手术尽量保留卵巢，将巧克力囊肿轻轻给予剥离，进而达到治愈目的，并且在术后还要给予后续治疗，主要是预防其复发的可能性；

2、子宫肌层的子宫内膜异位症：若子宫内膜异位症的病灶在子宫肌层，引起子宫腺肌症，通常需要切除子宫。需要根据病人的年龄、临床症状，还要考虑病人是否有生育要求来决定术式。若病人有生育要求，就不可以做子宫切除手术治疗，也可考虑上节育环来进行相应治疗。若病人没有生育要求且有明显的临床症状，使病人每个月都会出现非常严重的痛经，此时就可以考虑做子宫次全切除手术治疗。此外，若病人的宫颈局部有病变，则需要做子宫全切手术来进行治疗。