口腔溃疡本身不影响核酸检测，大多数的核酸检测要求取样部位是口咽部和鼻咽部，要在足够的区域取到口腔内的分泌物，而大多数口腔溃疡发生的位置是口腔黏膜，比如唇、舌、颊、鄂、口底等位置，真正发生在口咽部或者鼻咽部的溃疡很少，而且口咽部和鼻咽部的溃疡，在治疗方面也不是以局部用药为主，所以本身口腔溃疡不会影响核酸检测。
但因为口腔溃疡的患者，由于局部会存在明显的疼痛症状，在接受检测的时候，疼痛可能使张嘴受到限制，取样时要拿棉拭子在局部反复操作，因为疼痛原因，患者配合度会差，所以总体来说口腔溃疡对核酸检测结果并无影响，但会对取样过程有影响。
