克罗恩肛瘘是因为克罗恩病时，肠道内容物含有过量的炎症因子，侵蚀肛门以及肛门周围的直肠黏膜，引起肛周脓肿，最终形成了肛瘘。克罗恩性肛瘘的治疗相对比较复杂，文献统计很大部分的病人在发生克罗恩病的期间要进行肛瘘的手术，而且这些病人出现的肛周狭窄以及肛门括约肌功能不全很多是因为多次反复的手术而引起的。因此，发生克罗恩性肛瘘的时候，治疗一定要进行谨慎。
如果病人没有症状或者症状对病人影响不大的时候，不太建议病人进行手术，可以进行保守治疗；如果病人症状严重，要考虑手术治疗。首先要评估克罗恩病是在活动期还是静止期，如果在活动期，手术很难获得成功，需要通过内科药物进行治疗，将活动期的克罗恩病控制到静止期，在静止期的时候进行手术治疗。对于静止期的肛瘘，可以通过比较松的一种挂线来治疗肛瘘的发生。
