甲亢的治疗包括抗甲状腺的药物治疗、甲状腺手术治疗以及放射性碘治疗三种方法，甲亢合并妊娠多数情况之下采用药物治疗，妊娠早期首选丙硫氧嘧啶进行治疗，妊娠中期和妊娠晚期可以选择甲巯咪唑治疗。妊娠合并甲亢很少需要甲状腺的手术治疗，对药物治疗不耐受或者不能控制症状者，可以考虑手术治疗。妊娠早期手术容易流产，妊娠晚期手术可能引起早产，所以妊娠期间进行手术要选择妊娠中期，相对比较安全，一般采取次全甲状腺切除手术。

放射性碘治疗在妊娠期间属于禁忌，因为胎儿甲状腺在妊娠第9-10周可以有浓聚碘的作用。应用放射性碘-131之后可以影响胎儿的甲状腺发育，可能会造成先天性甲减，所以妊娠期间不能够行放射性碘治疗。妊娠期间多半选择药物治疗，而且在妊娠晚期多数情况之下可以停止药物治疗，因为甲亢是免疫性疾病，而妊娠是免疫抑制的过程，甲亢在妊娠期间可能会得到缓解，所以甲亢合并妊娠需要请内分泌医生进行全程指导治疗。