疟原虫进入人体之后，首先在肝脏进行寄生，并进行裂体增殖。经过一段时间之后，就会释放到血液中，进入红细胞，进行裂体增殖，然后破碎红细胞，释放出裂殖子，进一步再侵入到另一批红细胞，产生相应的临床症状。

另外疟原虫在体内繁殖到一定时间之后，会在血管内皮细胞里面，进行定殖。在这样的情况下，以至于在肝、脾、骨髓都可以查见疟原虫。所以疟原虫在人体，主要在肝脏红细胞和肝、脾、骨髓主要的脏器中进行存活。

由于疟原虫在肝脏中的寄生，也就是间日疟和卵形疟所形成的休眠状态，将来有复发的可能。这也就是一旦确诊患者患的是间日疟或者卵形疟，在治疗完红细胞内的疟原虫之后，一定要针对肝细胞内的疟原虫进行根治性治疗。

另外其他在红细胞内的疟原虫，一旦在血涂片里面发现疟原虫，进行确诊，要选择以青蒿素为主的复方制剂，针对红细胞的疟原虫及时杀死。只有体内的疟原虫被完全杀死，沉积在这些内皮细胞，包括肝、脾、骨髓中可见的疟原虫，也都可以被完全杀死，然后达到治疗的效果。