巧克力卵巢囊肿的情况下有可能会怀孕，但是每个人的个体差异不同，怀孕的机会会有所下降。因为巧克力囊肿是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部，随着每次来月经，子宫内膜脱落出血，巧克力囊肿局部也会出现出血的现象，天长日久就会在卵巢局部形成囊肿。
这种囊肿手术切开以后，会发现内部类似于巧克力酱一样，所以称为巧克力囊肿。当巧克力囊肿在卵巢局部的情况下，就会引起卵泡壁变厚，而影响排卵，会引起排卵功能障碍。所以在临床上可能会怀孕，但是会受到一定影响。
因此对于巧克力囊肿，建议如果直径＞4cm，可以考虑手术进行治疗，并且在手术之后尽快考虑怀孕。因为巧克力囊肿通常有复发的可能性，如果囊肿直径相对比较小的情况下，也可以保守进行治疗。
