相比于核磁共振，CT对人体伤害较大。CT成像基于X线成像，对人体有电离辐射作用。核磁共振成像原理基于人体生物磁自旋成像，所谓核磁共振核指细胞核的核，而非核辐射的核，在整个检查过程中没有辐射损伤。目前为止还没有明确证据表明，人体短期时间内暴露于强磁场内，可以损伤人体生长发育。
虽然CT对人体有一定辐射损害，但诊断性CT射线剂量不大，远低于国家规定，在安全范围内。所以，患者做CT检查时可以放心，无需过度担心CT对人体伤害。虽然CT有辐射，核磁共振没有辐射，依旧无法完全用核磁共振代替CT检查。因为两者检查侧重范围不同，核磁共振对软组织检查分辨率较高，但骨头、肺、出血等方面检查没有优势。所以，CT、磁共振检查两者可以优势互补，医生会根据每个病人不同情况，针对性开具适应检查，才有利于疾病精准诊断，从而给予精准治疗。
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