患者服用紧急避孕药后发生宫外孕，可能是患者服用紧急避孕药时处于排卵期，就是排卵之后或者是排卵期中服用紧急避孕药。此时卵细胞已经排出，因此服用紧急避孕药后，无法起到抑制排卵的作用，排出的卵细胞被输卵管抓住，又与精子在输卵管的壶腹当中相遇。正常情况下，如果输卵管没有炎症，没有吃紧急避孕药，输卵管纤毛按正常规律摆动，可能将受精卵摆到宫腔里面，有可能导致女性避孕失败。

但是部分患者可能是由于输卵管的炎症，或者服用紧急避孕药，抑制输卵管纤毛的蠕动，输卵管里面有纤毛，正常情况会帮助受精卵向宫腔内运输。但是吃紧急避孕药以后，抑制蠕动作用，运输能力减慢或者不运输，可能直接在输卵管内着床，于是就形成宫外孕，这种情况是服用紧急避孕药以后比较棘手的一种情况。