怀孕40天时，如果阴道有流出褐色分泌物，需要及时到医院就诊明确病因，具体原因如下：
1、异位妊娠：会表现为停经、腹痛和阴道出血，而阴道出血并非量很多，部分情况下为点滴出血。在怀孕40天伴有褐色分泌物，既往未进行超声检查明确宫内孕时，均应考虑是否为异位妊娠。异位妊娠一旦出现腹腔内出血，将有可能导致失血性休克，危及生命；
2、流产：除外异位妊娠后，需通过超声检查，明确是否存在胎芽、胎心，或否在宫内孕囊旁有较多宫腔积液，即间接判断未来妊娠的走向。当宫腔中积血逐渐增多时，后期流产发生可能性较大。同时还需考虑是否与胚胎停止发育等有关；
3、宫颈疾病：部分孕妇即使为正常宫内孕，胚胎生长发育状况良好，但宫颈息肉导致少许出血，进而出现褐色分泌物，需要检查宫颈。
