肝脏产生胆汁后排入胆道后再进入肠道，经过代谢和循环后回到肝细胞，这一循环当中任何环节出现问题都会导致胆汁酸异常，可以分为肝内和肝外原因。肝内多是因为肝本身原因引起，比如各种原因引起肝炎、肝细胞损害、酒精性肝病或者病毒性肝病，肝细胞损害以后代谢排泄较差，所以胆汁酸偏高。
各级胆道的阻滞、淤滞亦会导致胆汁酸升高，比如胆囊结石、肝内胆管结石或者胆道畸形造成排泄困难。从中医角度讲是因为肝胆不利、疏泄失常引起，去除原因后胆汁酸可能能够恢复正常。对于妊娠性胆汁酸升高者，妊娠过后也能够恢复正常，但有病毒性肝炎或者不可逆损伤者，胆汁酸恢复正常可能较困难。
