做胃镜没有严重副作用。胃镜从口腔进入，通过咽喉部进入食道、胃，进行胃黏膜、食道黏膜检查，必要时活检活组织检查。胃镜通过咽喉部会引起恶心反射，进入胃腔里注气使胃黏膜充分撑开，有利于观察病变情况。此时可引起患者腹胀，但通常在做完胃镜后症状可快速缓解。
此外，无痛胃镜患者需要通过静脉注射麻药进行，麻药有少数风险。如麻醉药物过敏或者麻醉风险，患者需要通过术前检查，询问过敏史，检查肝肾功能、血常规，判断是否有急性感染等情况。若存在患者需尽量避免做无痛胃镜，等急性感染症状恢复后再检查，可尽量减少麻醉风险的发生。
如果患者胃内有食物，做胃镜时可出现恶心、呕吐反射。胃内食物会反流到食道以及咽喉部，造成吸入性肺炎。因此要求患者做胃镜前要有足够长的禁食时间，且做胃镜前要保持饮食清淡，避免暴饮暴食。配合医生完善胃镜前检查，详细提供过敏史、疾病史，避免隐瞒病史。
