多种病因可导致舌根部溃疡疼痛，可通过应用止疼药和局部涂抹麻药缓解，还需根据病因进行以下几种治疗：
1、创伤性溃疡：去除创伤因素，溃疡愈合后疼痛即消除；
2、口腔癌：舌根部是口腔癌好发部位，多数口腔癌会出现疼痛，且疼痛较明显，此时需通过化疗或手术的方法治疗癌症，从而消除疼痛；
3、灼口综合征：舌根部疼痛常见于舌痛症患者，又称为灼口综合征。舌根部有叶状乳头，呈片状分布，有些患者会误认为是溃疡。舌痛症较常见于焦虑、抑郁以及处于更年期的患者，表现为整个舌侧疼痛，有时会持续数年，此时在排除舌根部真正病变的情况下，应到精神科治疗精神相关疾病，舌痛才能够缓解。
临床上较多见的是舌痛症患者，将叶状乳头误认为溃疡，以及精神因素引起躯体症状，需前往相关科室配合治疗，才能缓解疼痛。
