扁桃体发炎引发腰痛，可能是引发肾小球肾炎，也可能引发了IgA肾病。扁桃体常常为溶血性链球菌所引发，尤其是以β-溶血性链球菌居多。在每次发作时，这些溶血性链球菌，可能与本身有肾炎的患者，其体内存在抗链球菌溶血素O的抗体，抗原、抗体反应结合以后，沉积在肾脏实质内，可以引发慢性肾炎的急性发作。
而且在扁桃体发炎时，还可以激发IgA产生，从而IgA沉积于肾脏组织、肾小球系膜等组织中，可以引发IgA肾病。所以扁桃体发炎的一部分患者，可以引发肾炎，从而引发腰痛。这也是部分在看肾病疾病的患者，经过问询发现扁桃体经常反复的发炎，医生建议其行扁桃体切除的原因。
但是需要注意，进行扁桃体切除时，一定要注意肾脏功能。如果肾脏功能已经毁损，建议患者在肾脏功能代偿期时，控制一段时间以后，再行扁桃体手术。
