肺结核诊断以病原学检查为主，病原学包括细菌学和分子生物学检查，结合流行病学史、临床表现、胸部影像、相关辅助检查及鉴别诊断等，进行综合分析做出诊断，以病原学、病理学结果作为确诊依据。确诊主要分为以下几种情况：
1、痰涂片阳性：即两次痰标本涂片抗酸杆菌检查阳性；或一次痰标本痰涂片抗酸染色检查阳性，同时具备典型肺结核影像学表现；或痰标本涂片抗酸染色检查阳性，同时痰标本分枝杆菌培养阳性且鉴定为结核分枝杆菌；
2、仅分枝杆菌培养阳性：有典型的肺结核影像学表现，但抗酸染色检查两次都是阴性，而分枝杆菌培养阳性，且菌种鉴定为结核分枝杆菌；
3、分子生物学检查阳性：有典型的肺结核影像学的表现，结核分枝杆菌核酸检测阳性即可诊断；
4、肺组织病理学检查阳性：通过穿刺或活检取得肺组织进行病理学检查，提示为结核。
如果无法通过痰细菌学检查、核酸检测和病理学检查取得阳性结果，需要医生根据患者的临床表现、胸部影像学检查及CT表现、免疫方面检查，还有对消炎药及结核药治疗反应等综合判断。
