超声内镜的原理是，当超声探头的声波产生回波并反弹到探头的时候，计算机将回波转化为腹部结构的图像，显示出肿瘤的精确部位，有助于确定肿瘤在胃壁内或者胃肠道其他部位的深度。
根据《中国消化道黏膜下肿瘤内镜诊治专家共识》，胃肠道间质瘤在超声内镜下的特点，典型表现为球状或者梭形隆起，少数表现为半环形隆起。大多数瘤体表面黏膜光滑，部分瘤体可出现顶端出血糜烂，表面不平整或者凹陷型溃疡。
如果说是早期非常小的胃肠道间质瘤，它往往呈现均一的低回声结构，边界清楚。随着肿瘤进一步增大，有可能表现为边界不清楚，内部回声不均匀。也有研究显示，如果超声内镜出现肿块边界不清晰、囊性改变、溃疡形成，出现焦点回声或者内部异质化的表现，则考虑肿瘤有恶变的可能，应该尽快切除。
