肛周脓肿手术通常需住院3-7天，具体根据肛周脓肿情况决定。如果脓肿范围较大、位置较高，即高位肛周脓肿，则住院时间可能稍长，部分患者可能需住10-15天。如果是较小、较低位的小范围低位肛周脓肿，可能需住3-5天，最多1周即可。因为肛周脓肿差别较大，部分患者只是轻微的小疖子，部分患者甚至无法正常行走，整个肛门直肠周围间隙全充满脓，所以住院时间也不同。
此外住院时间并不说明问题，住院期间主要是使患者减轻疼痛。一方面可以进行换药治疗，另一方面可用止疼药减轻患者痛苦。如果患者耐痛性较好，可早点回家。但是如果患者痛阈较低、耐痛性较差，则建议延长住院时间。因为医院有各种止痛、通便措施，可缓解患者症状。所以住院时间还需因病而异，因人而异。
