牙周膜息肉源于多根牙髓底，因为髓底穿通破坏发生牙周膜息肉。若髓底穿通则严重，无法将其留下，所以牙周膜息肉一般预后都较差。如果穿通较小，人为造成穿通而非感染造成，预后可能较好。
人为穿通一般无感染，可以MTA修补后再做完善根管治疗、冠部修复，这样牙齿可以保留。如果自行破坏，这种情况下髓底穿通较大，而后牙为多根牙，牙预后较差，需拔除。若未及时处理，可进一步发展为骨髓炎、牙根纵折、牙根折裂，甚至骨坏死。