凌晨3点醒来睡不着觉的原因较多，可以是生理性因素，也可以是病理性因素，具体如下：
1、生理性原因：随着年纪增长，女性到更年期后生理激素水平下降，大段睡眠无法继续维持，从而后半夜容易醒。另外男性除了激素原因，可能还有前列腺增生，随着年纪增长，前列腺出现增生肥大，导致排尿困难，从而导致后半夜容易起夜，老是上厕所。但这种情况上完厕所回来后若能较快重新入睡，且早上起来时不困，工作、学习、生活时精神状态良好、思维敏捷、处事得当，即说明前一天睡眠正常；
2、病理学原因：如睡眠呼吸暂停综合征，即打鼾，打鼾时由于呼吸停止而导致憋醒。另外还有一部分患者处于抑郁状态时，早醒是它的特征性改变，同时往往合并有情绪低落、消极沮丧，这种情况需要及时就诊。
