有部分长期慢性反流性食管炎患者，可能会出现吞咽困难，有以下几个原因：
1、胃酸反流：胃酸长期反流侵蚀食管黏膜，就容易形成炎症，进一步可能形成溃疡甚至狭窄。如果形成了狭窄，当患者吃饭时，就会有吞咽困难的感觉；
2、食管裂孔疝：有部分反流性食管炎患者是由于食管裂孔疝造成，食管裂孔疝就是膈肌变松弛，胃沿着增大的膈肌裂孔进入胸腔内。大概有1/3的反流性食管炎患者真正的原因是食管裂孔疝。由于胃反复地疝入胸腔再滑回，就会影响食管排空功能，在此种影响排空的情况下，患者就会出现吞咽困难。
针对这两个病因，一个是反流，一个是食管裂孔疝，建议还是用通过手术的方法控制反流的因素，就是通常所说的抗反流手术。对于有裂孔疝的患者，应该修补食管裂孔疝，对于食管下端括约肌松弛的患者，要做抗反流活瓣，也就是胃底折叠，来达到控制反流的目的。
