头部疾病通过脑CT没有诊断清楚，病因不清时可以考虑进行头部磁共振的检查。头部磁共振包括很多序列，对脑部组织成像、病灶成像，以及急性缺血性病灶的成像比较敏感。同时还具有特殊序列，如磁敏感成像进行微出血的评估，所以需要成像序列时，则需要做头部磁共振。
按疾病来说，对于急性脑卒中在24小时之内，尤其是前12个小时之内，头CT看不到急性病灶。这时头部磁共振检查DWI的序列，可以明确病灶部位。同时在CT上看到轻微异常，不能明确病变的性质时，可以借助磁共振更加详细地进一步评估。同时头部磁共振也可以进行非增强的血管成像，明确脑血管的情况。所以对于急性脑梗、脑血管病变或慢性头疼突然加重，头部CT没有明显阳性表现的患者，可以进行头颅磁共振的检查，明确病变情况。
