根管治疗过程中，牙齿确实会疼，可能是根管解剖变异，即牙髓腔治疗时可能有遗漏的根管，里面有残髓，可引起疼痛。在治疗过程当中，由于髓腔里的渗出物无法排出，也会引起牙神经疼痛。因为刚封药时，牙神经并没有完全杀死，在根管扩大时，可能会刺激根尖组织，引起根尖的急性反应，比如出现明显的咬合胀痛等。需要将牙髓腔开放一段时间，让根尖的渗出物通过牙髓腔引流，疼痛就能够得到有效缓解。
牙根管治疗完成，根管填补好，疼痛可能是因为补牙过高，有咬合高点，则把牙调低。若是充填时引起根尖的充填反应，可以服用消炎药暂时观察。若吃完消炎药，疼痛逐渐减轻，可以继续观察。若疼痛没有减轻迹象，甚至越来越疼，此时需重新根管治疗，把充填物取出，再重新消炎、重新开放，最后重新填上。所以牙杀死神经会出现疼痛，需要针对不同原因，采取相应措施进行处理。
