侧切伤口愈合后会疼痛，主要原因如下：

1、缝合线的愈合：因为侧切伤口损伤黏膜层和肌层，在缝合时许多层的线也有愈合的过程。即使伤口已经愈合，其中的线也未必完全吸收，会刺激伤口局部引起疼痛；

2、瘢痕牵扯：已经愈合的伤口可能形成的是瘢痕，瘢痕在肌肉活动以后会有牵扯痛；

3、伤口积脓：如果疼痛合并发烧，考虑有深部伤口积脓的情况，比如坐下来后外阴疼痛甚至合并明显发烧，建议进行相关妇科检查，让妇产科大夫来评价伤口愈合的情况。必要时可能还要再做盆底部超声，观察伤口愈合情况，是否含有积血或者积脓。积血或者积脓会引起局部神经压迫，从而引起疼痛，这时需要处理血肿或脓肿。