直肠间质瘤能治愈，但是每个人的情况不同，因为每个人的危险程度不同，直肠间质瘤的特点也不一样，其治疗效果可能也会不同，而且基因型、基因突变位点不一样，也直接决定了其愈后。甚至部分直肠间质瘤的患者，肿瘤的位置非常低，还牵扯到可是否能保肛的问题。
但是经过新辅助的治疗，比如之前成功的一个病例，就是经过新辅助的治疗，使肿瘤的直径缩小2cm之后，把括约肌闪开，就可以做局部地切除，不仅把直肠间质瘤切掉，同时还可以有效地保留了直肠括约肌，也就是俗称的保肛。把肛门保留完整之后，生活质量明显好得多。否则要做直肠会阴的联合切除，这样对生活质量有相当大的影响。
直肠间质瘤的治疗，也是按照间质瘤的治疗的规范进行，也是通过手术结合靶向药物的治疗。但因为直肠的间质瘤的位置相对特殊，所以其在治疗上有部分自身的特点。
