肛瘘手术过程时间难以明确，因为部分简单肛瘘只有一个内口和一个外口，属于较浅的低位肛瘘，窦道明确，手术需要十几分钟到半小时就能解决。

部分高位肛瘘时间较久且复杂，如马蹄形肛瘘，或者有些肛瘘窦道延伸得较远、距离远，这些手术相当复杂，有些甚至是数小时都不能完成，而且肛瘘手术后愈合较慢，特别容易复发。部分术中找不到内口、没有内口、位置太高，就容易复发。复杂肛瘘手术过程中很容易损伤肛门外括约肌及内括约肌，引起术后严重的并发症，如肛门失禁、肛周感染。