疼痛为肿瘤常常伴发的症状，鼻咽癌有无疼痛与分期的早晚有明确相关性。较多鼻咽癌患者会伴有鼻窦炎，而鼻窦炎本身会出现枕部的疼痛；对于偏晚期的鼻咽癌，肿瘤会向周围生长。如果鼻咽癌累及到颅底的骨质，则会出现疼痛；如果再往上生长累及到硬脑膜，患者也会有明显的疼痛。

如果疼痛与肿瘤有明确相关性，说明患者鼻咽癌的分期偏晚，医生的治疗力度会更强。对于出现颈部淋巴结转移的患者，鼻咽癌伴发的淋巴结转移多数为无痛性包块。但如果肿瘤发生全身性播散，尤其累及到全身性的骨头，即发生骨转移，患者往往会出现显著性疼痛。