烟雾病的术后并发症与常规脑出血相关的并发症类似，开颅手术的并发症必然涉及急性期、慢性期。急性期若采取搭桥等手段，考虑出现相应血管损伤造成梗塞，部分患者做完手术之后，可能会出现相应神经功能障碍，比如偏瘫、失语、偏身感觉障碍等，甚至有些时候是偏盲。很多患者在急性期可能还会面临感染的风险，容易发生细菌感染，或者因为抵抗力下降出现病毒感染。感染包括颅内感染，也包括肺部感染，或者尿路感染等。有些患者在急性期还有发生再出血的风险，手术中虽然已经良好止血，良好控制出血风险，但是患者在术后一段时间内，由于手术之后的一段时间不适，突发血压剧烈波动，会引起已经止血的部位再次发生出血。如果发生脑出血，有些病人需通过再次手术解决出血问题。

此外，烟雾病手术之后如搭桥不通畅，可能患者术后神经功能无法得到改善，甚至会越来越差。对于颞肌贴敷，由于需要将肌肉贴敷到脑组织表面，会导致骨的缺损。手术之后局部区域可能出现相应的头皮感觉功能障碍，比如麻木不适。有些患者做完手术之后，头痛、头晕的症状也会持续。